Nada se sabe de su vida en España, excepto que el 5 de junio de 1738 en Ceuta, Norte de Africa, contrajo matrimonio con Juana Landero, una gaditana que luego de treinta años de matrimonio lo ha visto viajar hacia el Nuevo Mundo. En 1768 ya vivía en La Habana, Cuba, donde se le ubica el 14 de junio de ese año a partir de una carta a su esposa Juana que ansiaba tener noticias suyas. A ella escribe ese día: '...ya se hacían a la vela cuando te mandé otra por un mozo de Casa Ustáriz en que te participaba cómo el señor Obispo se había dignado el darme el magisterio de capilla de esta ciudad. Su renta  son mil doscientos pesos al año, y hay años que pasa bien... El gasto que he tenido ha sido grandísimo en poner casa decente, como la tengo, y requiere para dicho empleo'.

Frontispicio de "El Sincopado habanero" con información sobre Joaquín Ugarte

En 1778, se traslada a la Catedral Angelopolitana. Algún tiempo después se le encuentra en México, en cuya capital se desempeñó como maestro de capilla de la Parroquial Mayor de la ciudad —no existía aún la Catedral— antes de radicarse en Puebla de los Ángeles, donde probablemente residió hasta su muerte. Sus partituras fueron rastreadas en esa urbe mexicana, donde se atesoran cinco responsorios suyos para las celebraciones del Santísimo Sacramento, para los Maitines de Nuestra Señora de la Concepción, otro para la festividad del Corpus Christi y Difuntos. No se sabe si habrán sido escritos en Puebla, o los llevaba en su equipaje desde La  Habana el maestro Ugarte.

“Filius meus, parvulus est” —responsorio octavo para los Maitines de Nuestra Señora de la Concepción (a cuatro voces, violines, trompas y bajo) — se suma al más antiguo catálogo del patrimonio musical cubano pues Ugarte integra, a partir de ahora, junto a Esteban Salas y Cayetano Pagueras, la trilogía de autores presentes en La Habana del siglo de las luces, cuyas obras se conservan.